Ciddi yan etki görülme ihtimalinin artmasına neden olan durum kontrendikasyon olarak tanımlanır. Kontrendike durumlarda aşı uygulanmamalıdır. Tüm aşılar için tek, gerçek, kalıcı kontrendikasyon, kesin bir riski tanımlaması nedeniyle, aşıya veya aşının içerisindeki herhangi bir bileşene karşı ciddi alerji veya anafilaksi olmasıdır. Bu bağlamda, aşıların büyük çoğunluğunun tampon ve aşı dışında, aşının üretimi sırasında ya da son ürüne eklenen prezervatif vb. maddeler içerdiği akılda bulundurulmalıdır. Aşıları uygulamadan önce prospektüsleri mutlaka gözden geçirilmelidir. Difteri, tetanoz ve boğmaca aşılarının (DTB) takip eden dozlarının uygulanmasının kalıcı kontrendikasyonu aşıdan sonraki 7 gün içinde gelişen akut ensefalopatidir. Buradaki teorik risk ensefalopatinin alevlenmesi veya tekrarlaması riskidir.

Hamilelik canlı aşıların uygulanması için kontrendikasyondur. Buradaki teorik risk, fetusta doğal olarak oluşabilecek bir doğumsal defektin aşıya bağlı olduğunun düşünülebileceğidir. Bununla birlikte herhangi bir aşıya bağlı olarak tanımlanmış fetal bir hasar olduğuna dair bir kanıt yoktur. Ek olarak, bazı durumlarda aşıdan sağlanacak fayda, sahip olduğu teorik riskin çok üzerinde olabilir. Buna örnek olarak, sarıhummanın bulaşması açısından yüksek risk taşıyan bir bölgeye gidecek olan bir hamilenin canlı zayıflatılmış (atenüe) sarıhumma aşısı olması düşünülebilir.

Yine canlı aşılar için, bağışıklık sisteminde yetmezliği olan kişiler kontrendike grubu oluşturmaktadır. Ancak bu grupta da aşının riskinden ziyade faydasının olabileceği bazı durumlar vardır. Örneğin Di George sendromu olan ve hücresel bağışıklığı hafifçe bozulmuş bir kişi için doğal suçiçeği enfeksiyonu geçirmek zayıflatılmış canlı suçiçeği aşısı olmaktan daha büyük risk taşımaktadır.

Uyarı, ciddi yan etki ihtimalini artırabilecek, aşının oluşturabileceği bağışıklık cevabı ile etkileşebilecek veya aşı yan etkisi ile karışabilecek bir reaksiyon oluşmasına neden olan durumlardır. Uyarı durumu var olduğunda, aşıdan elde edilecek fayda riskin üzerinde ise aşı uygulanabilmektedir. Bu durumda aşı uygulamaya karar verilirken mevcut epidemiyolojik koşullar ve hastanın durumu göz önünde bulundurularak karar verilmelidir. Örneğin, eğer toplumda belirgin oranda boğmaca vakası görülüyorsa, hekim ilk doz boğmaca aşısından sonra yüksek ateş görülen bir bebeğe boğmacanın devam dozlarını yapmaya karar verebilir. Benzer şekilde, eğer çocuğun aşı yapılacak olan vizitte orta derecede ateşi varsa, iyileştikten sonra bu aşı dozu için yeniden gelmeyeceğini düşünüyorsak ve ortamda hastalık görülüyorsa bu çocuk da aşılanabilir.

1. Uyarılarda listenen olaylar ve durumlar, kontrendikasyon olmamasına rağmen dikkatle değerlendirilmesi gereken durumlardır.  Bu durumlarda kişinin aşıdan sağlayacağı yarar ve risk değerlendirilmelidir. Riskin, aşının sağlayacağı yarardan daha fazla olduğu düşünüldüğünde aşı uygulanmamalıdır, ancak aşının sağlayacağı yarar riskten fazlaysa (örneğin bir salgın veya yolculuk durumunda) aşı uygulanmalıdır. Kanıtlanmış ya da şüphelenilen bir nörolojik hastalığın bulunması durumunda DTB veya DTaB aşısının uygulanıp uygulanmamasına kişiye özel olarak karar verilmesi gerekmektedir. Teorik olarak bazı aşıların hamile kadınlara uygulanmasından kaçınmak gerekmektedir. Poliomyelit için acil koruma gerekirse OPV veya IPV kullanılabilir.
2. GBS rekürrensi riski var ise, tekrar doz aşılama kararı aşıdan sağlanacak yarar göz önünde bulundurularak verilmelidir.

3. Kızamık aşısı geçici bir süreyle tüberkülin reaktivitesini bozabilir. KKK aşısı tüberkülin testiyle aynı gün veya sonrasında verilebilir. Eğer yakın zamanda KKK aşısı olunduysa, tüberkülin testi aşıdan sonra 4-6 hafta süreyle ertelenmelidir.
4. KKK aşılama kararı, kızamık, kızamıkçık ve kabakulak’a karşı elde edilen immünitenin sağlayacağı fayda ile aşılama sonrasında trombositopeni rekürrensi veya alevlenmesinin; veya doğal olarak kızamık veya kızamıkçık enfeksiyonu geçirme sonrasında trombositopeni oluşma veya alevlenme riskleri göz önünde bulundurularak verilmelidir. Pek çok durumda KKK aşılamasının faydası potansiyel risklerden daha fazladır, çünkü kızamık veya kızamıkçık enfeksiyonunu takiben trombositopeni gelişme riski daha büyüktür.
5. Son çalışmalar, kızamık ve kabakulak aşısına bağlı gelişen alerjik reaksiyonların çoğunun yumurtaya değil, aşının içerisindeki başka bir maddeye karşı geliştiği görülmüştür. Yumurta alerjisi olan kişilerde kızamık ve kabakulağa bağlı anafilaktik reaksiyon riski son derece düşük olduğu ve aşı öncesinde cilt testi yapmak ile alerjik reaksiyonun anlaşılamayacağı göz önünde bulundurularak, yumurta alerjisi olan kişilere KKK aşısı uygulanmadan önce cilt testi yapmak ve desensitizasyon önerilmemektedir.

6. Suçiçeği aşısının çocuklara rutin olarak KKK aşısı ile aynı zamanda uygulanması tercih edilmektedir. Suçiçeği aşısı 12 aylık ve daha büyük olan bebeklere KKK aşısı ile aynı zamanda (farklı bölgelerden ve farklı enjektörlerle) uygulandığında güvenilir ve etkindir. Eğer suçiçeği aşısı ve KKK aşısı aynı gün uygulanmayacaksa aralarında en az 30 gün bırakılması gerekmektedir.
7. Kan (yıkanmış eritrosit hariç), plazma, immünglobulin veya suçiçeği immün globulini alan kişilere en az 5 ay süreyle suçiçeği aşısı uygulanmamalıdır. İmmüngloblin veya suçiçeği immünglobulini, (uygulanmaları ile elde edilecek fayda, aşılamanın faydasından daha fazla değilse) aşıdan sonraki ilk üç hafta içinde uygulanmamalıdır. Bu süre içinde immünglobulin uygulanan durumlarda, aşılanan kişiye ya 5 ay sonra yeniden aşı uygulanmalı ya da 6 ay sonra bağışıklık cevabı test edilerek, eğer yeterli cevap elde edilememişse aşı yeniden uygulanmalıdır.
8. Suçiçeği aşısı ailesinde bağışıklık yetmezliği hikayesi olan kişilere, uygulanacak  olan kişinin bağışıklık sistemi kontrol edilmeden uygulanmamalıdır. Çünkü ailesinde immün yetmezliği olan kişilerde de immün yetmezlik görülme olasılığı daha yüksektir.