İnaktive veya canlı aşıların hiçbirinin emzirmekte olan anne veya bebeği üzerinde herhangi bir olumsuz etkisi yoktur. İnaktive ve komponent aşılar vücuda uygulandıklarında çoğalmadıkları için emzirmekte olan anne ve bebeği için bir risk taşımazlar. Emzirmekte olan anneler aynı zamanda KKK, OPV, suçiçeği ve kızamıkçık gibi canlı aşıları da güvenle alabilirler. Canlı aşılar uygulandıktan sonra vücutta çoğalmalarına rağmen, canlı aşıların çoğunun anne sütüne geçmediği bilinmektedir. Kızamıkçık aşısı bu genellemenin dışında kalmakta ve anne sütüne geçmekte ve kızamıkçık aşısı ile aşılanmış bazı annelerin bebeklerinin nazofarinks ve boğazlarından tespit edilmiştir. Bir çalışmada infantların %25’inde klinik hastalık bulgusu olmadan geçici serokonversiyon tespit edilmiştir.

Emzirme bebeklerin aşılara karşı koruyucu bağışıklık cevabını etkilememekte ve hiçbir aşı için kontrendikasyon oluşturmamaktadır. DTB ve konjuge Hib aşılarına karşı gelişecek olan bağışıklık cevabı emzirme ile inhibe olmamaktadır. Anne sütü alan bebeklerin aşılanması ile koruyucu bağışıklık cevabı alınmaktadır ancak bu bebeklere hayatlarının ilk 3 günü içinde uygulanan OPV aşısı, daha büyük bebeklere uygulanan veya anne sütü almayanlara kıyasla daha düşüktür. Anne sütü ile kızamıkçık virüsü veya kızamıkçık antikoru alan infantlar, 15-18. aylarda uygulanan kızamıkçık aşısına karşı normal bağışıklık cevabı oluştururlar. Özel mamalarla beslenen bebeklere kıyasla, anne sütü ile beslenen bebekler konjuge Hib aşısı, OPV ve DT gibi bazı oral ve parenteral aşılara daha iyi bağışıklık cevabı oluştururlar. Ancak bu etkinin önemi açık değildir.

Emzirmenin aşıların immün cevabını etkilemesinin bir istisnası olarak oral rhesus rotavirüs aşısı verilebilir. Çeşitli rhesus rotavirüs aşılarının tek doz olarak uygulandığı çalışmaların meta analizinde, bu aşıya karşı cevabın anne sütü alan bebeklerde azaldığı sonucuna varılmıştır. Bununla birlikte bu inhibitör etki, aşının üç doz olarak uygulanması ile büyük oranda ortadan kalkmakta ve anne sütü alan bebeklerde, anne sütü almayanlara kıyasla rhesus rotavirüs aşısına karşı koruyucu etkinlikte belirgin azalma görülmemektedir.