Bazı kronik hastalıklar sık rastlanan enfeksiyonların belirtilerine ve komplikasyonlarına karşı çocukları daha duyarlı kılmaktadır. Genelde, sağlıklı çocuklara önerilen aşılama uygulamaları kronik hastalıkları bulunan çocuklara da önerilir. Ancak, bağışıklık sistemi ile ilgili hastalıkları bulunan çocuklarda canlı virus aşıları genellikle kontrendikedir; ağır derecede bağışıklık yetersizliği bulunmayan HIV ile enfekte çocuklara uygulanan MMR bunun dışındadır. Belli, kronik hastalıkları bulunan çocuklar (örn., kalp ve solunum, allerjik, hematolojik, metabolik ve renal hastalıklar, kistik fibroz) grip ve pnömokok enfeksiyonlarına yakalanma veya her ikisine birlikte bağlı komplikasyonlar geliştirme bakımından artan risk altındadırlar ve bu nedenle bu kişilere grip ve/veya pnömokok aşısı yapılmalıdır. Kronik karaciğer hastalığı bulunan kişiler hepatit A virüsü (HAV) akut enfeksiyonunun klinik belirtilerinin çok ağır seyretmesi riski altındadırlar. Bu nedenle, bu çocuklar 2 yaşından sonra mutlaka HAV aşısı ile aşılanmalıdırlar.
Nadir hastalıklardan birisine (örn., galaktozemi veya renal tübüler asidoz) yakalanmış belli bir çocuğa canlı virus aşısı yapılmasının uygun olup olmadığı, özellikle hastalığın aşıya karşı gelişen immün yanıtı bozduğu durumlarda, sorunlu bir konudur. Bu hastalıkların bazısına ilişkin deneyim çok azdır veya hiç yoktur, ve doktor aşı uygulamadan önce konunun uzmanına danışmalıdır.
